为深入实施创新驱动发展战略、落实科技体制改革部署，财政部、科技部联合发布通知，规范中央引导地方科技发展专项资金管理，提高专项资金使用效益。根据此次印发的《中央引导地方科技发展专项资金管理办法》，专项资金是指中央财政通过专项转移支付安排的，用于支持地方政府围绕国家科技发展战略和地方经济社会发展目标，改善地方科研基础条件，优化科技创新环境，支持基层科技工作，促进科技成果转移转化，提升区域科技创新能力的资金，由财政部、科技部共同负责管理。

与2012年财政部发布的《中央补助地方科技基础条件专项资金管理办法》不同，新通知扩大了专项资金支持的范围，不仅包括支持地方科研基础条件和能力建设，还将地方专业性技术创新平台、地方科技创新创业服务机构、地方科技创新项目示范纳入支持范围。
通知明确，支持地方科研基础条件建设的资金一般采取直接补助的方式。支持地方专业性技术创新平台、地方科技创新创业服务机构和地方科技创新项目示范的资金，鼓励地方综合采用直接补助、后补助、以奖代补、贷款贴息、发放创新券等多种投入方式。
在资金分配方面，通知明确，专项资金采取因素法分配，分配因素主要包括：体现地方科研综合能力的因素，体现地方创新综合能力的因素和绩效考评因素。
两部门强调，事业单位不得将专项资金用于支付各种罚款、捐款、赞助、投资、偿还债务等支出，不得用于编制内在职人员工资性支出和离退休人员离退休费，以及国家规定禁止列支的其他支出。财政部、科技部将适时开展监督检查。监督检查、绩效评价和监管报告所反映的情况是专项资金分配的重要参考。