引言:最新一期国际著名医学期刊《科学》杂志发表了一篇重磅研究,一组来自以色列的科学家在细菌体内发现了新的10种免疫防御系统,这些新系统将为开发新的基因编辑工具带来希望。
在微生物面前,人类还是一个自以为是的小孩子!
细菌在几十亿年之前就已经在地球上面生存,几十亿年的进化让细菌在地球上大获成功,如今,细菌无处不在,空气、水、土壤、动植物身上都有细菌的身影!
细菌在地球上持续攻占了山川河流、植物、低等生物、甚至恐龙、哺乳动物,最后攻占了人类的肚子!
是的,人类从出生那一刻开始就注定和细菌携手一辈子!
别以为人类了不起,若是没有细菌在你肚子里面玩耍,你要想愉快地生活那是绝对不可能的!如今的微生物研究可以揭示一定的道理:你需要伺候好你肚子里面的细菌,否则它们要是闹腾起来,你的整个身体运转恐怕会出问题!
艺术家设计的一种模拟细菌培养皿中绘画艺术(图片来自网络)
看到这里,是不是以为颠覆了你的想象?这是一个细菌统治的世界!
噬菌体的进攻
然而,好就好在这个地球有一个所有的物种都逃不过的自然规律,那就是:相生相杀!这正是我们中国的古话说的:一物降一物。
这正是生态平衡的概念!自然界的一切都是维持生态平衡,你细菌若是强大到无人能敌,强大到肆掠地球,无法无天,那还得了?因此,细菌也有天敌!
细菌的天敌是什么呢?那就是号称噬菌体(phage)的简单生物:仅由一条核酸和外壳蛋白质组成。
噬菌体外形(模拟图),紧紧附在细菌的表面
噬菌体的外形貌似科幻电影中的外星生物,一个大脑袋加八角蜘蛛一样的脚,一旦附着在细菌表面(不同的噬菌体针对不同的细菌),就将自己的核酸注入细菌,然后裂解细菌,复制自己。
因此,可以说细菌是噬菌体的“猎物”。
有了噬菌体,细菌就不敢到处嚣张了(当然,且不提抗生素的强大作用),也不敢占领一切了。
细菌的反击
但是,你以为这就是故事的结尾,那就太不懂相生相杀的套路了。
举个不严谨的例子,比如刺猬是豹子的猎物,但是人家刺猬在漫长的被猎杀的过程中,渐渐进化出了又长又硬的刺,几万年以后,你豹子的后裔要想再吃刺猬,那就不容易了,你以为那尖尖的刺是你嘴巴上的肉能够对付得了的?
因此,这里也一样,你噬菌体要杀我细菌,我细菌就在漫长的岁月中进化出了防御系统,专门用来对付噬菌体。
实际上,说起来你可能感觉非常复杂,然而,看看上面的图你就会一目了然,事实上,熟悉的人就知道,就是序列比对然后拼接基因组那一套类似的方法。
当然,在这里我们也不要过多纠结于生物信息学分析了,大多数人还是喝不了程序狗们这碗难喝的汤!
难怪现在看到实验室招聘最火爆的职位就是Bioinformatics Engineer。
那好,过程看得糊里糊涂的,那就在下面一节看看结果吧!
发现10种新系统
研究者们从大于45000个已知基因组序列的细菌及古细菌的超过1.2亿个基因的14083个蛋白家族中进行筛选,结果筛选到335个候选基因家族,这些候选基因家族可能就是细菌的免疫系统基因家族。
Hold on....
此时估计这些研究者们傻了眼!为何?因为一共有335个候选基因家族,若是合成这些基因的序列,那可是相当昂贵啊,估计此时此刻Rotem Sorek博士作为实验室老板的心是崩溃的,合成这些序列这么多钱,不是逼着我关门吗?
确实,虽然你Rotem Sorek小鲜肉博士长得细皮嫩肉,风流倜傥,但是也不能当饭吃,更不可能把长相当钱用,不信你就走到基因合成公司去刷一下脸,看他们公司能不能给你降价合成序列甚至免费送你。若是刷脸都能解决钱的问题,那小编得活的多开心(开个玩笑)。
于是,疯狂地通过各种各样的方法砍掉三百多个候选基因家族,只留下28个!
这回终于不用花太多钱了(开玩笑),于是开始做实验,结果最终筛选到10个新的细菌免疫防御系统(如下表)。
研究者们发现的10个新的细菌防御免疫系统,采用各种神话人物来命了名
当然,研究人员还研究了其中几种系统,在此不再详说。这10种系统中有9种都是抗击噬菌体的,有一种是抗质粒系统。
为新的遗传工具提供可能
不要忘了现在如火如荼的第三代基因编辑技术CRISPR-Cas系统的发现历史,也是源于细菌的CRISPR免疫系统的分子机制的阐明。而第二代基因编辑技术TALEN技术则来源于植物病原体黄单胞菌属的avrBS3蛋白特异核酸序列结合特性。
事实上,许多工具酶都是人类从细菌偷师而来,这也正是细菌的伟大之处。你花费一生越过山丘,苦苦追寻答案,而大自然早已经把答案深埋在细菌之中,只为等待一双发现的眼睛。
“我们发现的系统与之前所见过的不同,“Sorek说, “但其中我们认为,有一两个可能有增加基因编辑工具箱的潜力,还有一些指向人体免疫系统的起源。”